Sanger Dizileme Nedir?

Zincir sonlandırma yöntemi olarak da bilinen Sanger Dizileme, DNA’nın nükleotid dizisini belirleme yöntemi olarak geliştirilmiştir. Dizileme cihazı ile manuel ve otomatik olarak gerçekleştirilen yaygın bir dizileme prosedürüdür. İlgilenilen DNA dizisi, zincir sonlandırma PCR’ı adı verilen özel bir PCR tipi içinkalıp olarak kullanılır.

Bu PCR’da standart PCR’a ek olarak dideoksiribonükleotidler (ddNTP) adı verilen modifiye edilmiş nükleotidler de kullanılır. DNA polimerazın ddNTP kullanması sonucunda zincir sonlanır. Reaksiyon bitiminde tüm oligonükleotidler jel elektroforezi yardımıyla boyuta göre ayrılır.

Otomatik sekanslama cihazımızda floresan ışıma yapan ddNTP ile oligonükleotidlerin dizilenmesi için tekli kapiler elektroforez kullanılır. DNA polimerazın sentez yönü dikkate alınarak jel üzerinde görünen fragmentler okunarak DNA dizisi belirlenebilecektir. Zincir sonlarında bulunan floresan etiketli ddNTP’ler sayesinde kalıp DNA boyunca bir nükleotidin floresan pikini gösteren bir kromotogram verisi elde edilir.